I 1408 erhvervede Roskildebispen Peder Lodehat gården til domkirken, men vandmøllen blev grundlagt allerede engang i 1300-tallet. Efter Reformationen i 1536 blev møllegården krongods og senere en af den nærliggende herregård Aastrups mange møller. I 1674 erhvervede Sonnerupgård Gods møllen, og i fæsteprotokollen er i 1745 anført den første kendte fæster ved navn: Christen Jacobsen.
Den sidste fæster - den første selvejer
Den sidste fæster blev Christian Henrik Hansen i 1914, som i årtier drev både landbrug og savskæreri, med en hastigt faldende kundekreds til møllen og til sidst slet ingen. Efter møller Hansens død i 1945, overtog datteren Marie Hansen lejemålet, og hun købte ejendommen til selveje i 1952 af Sonnerupgård. Nationalmuseet fredede vandmøllen i 1956 og gennemførte en efterhånden tiltrængt restaurering. I mange år drev Marie Hansen møllegården som landbrug med en enkelt medhjælpende karl og med fremvisning af møllen. I 1986 solgte hun møllegården billigt til staten, mod til gengæld at kunne blive boende på gården sit liv ud.
Mølle-Marie
Marie Hansen, som i folkemunde blot kaldtes Mølle-Marie, stod i mange år imod vandmøllens forfald og viste med kærlighed vandmøllen frem. Marie Hansen døde 100 år gammel i 2003, efter 89 år på møllegården.